Procés de l’estudi genètic
Un laboratori de referència permet disposar dels casos suficients per mantenir la qualitat i per ajudar a prendre les decisions clíniques més adients.Els estudis genètics han de ser utilitzats
1. Extracció d’ADN.
La mostra rebuda (sang, saliva o teixit congelat o en parafina) és processada per a extreure’n l’ADN. Es mesura l’ADN per a valorar-ne la qualitat i garantir que el processament serà efectiu i rendible. Si per alguna raó aquesta mostra no és de la qualitat necessària, no es processa i se’n demana una segona mostra.
2. Preparació de les llibreries
per a la seqüenciació.
S’utilitzen els protocols per a la preparació de les llibreries (Agilent Technologies, Inc., USA). Utilitzem panells que es va actualitzant a mesura que es van descobrint nous gens . Per la seva qualitat, el panell permet avaluar no només variants puntuals sinó també indels i variants estructurals com copy-number-variations (CNVs).
3. Anàlisi bioinformàtica.
Una vegada s’obtenen els resultats del panell, aquests són avaluats informàticament per detectar les variants genètiques que són considerades potencialment patogèniques. Per aquesta tasca s’ha desenvolupat un programa informàtic propi i es fa una comparació de les variants amb bases de dades internacionals, així com amb la base de dades pròpia. Les variants són finalment avaluades amb eines in-silico per valorar la patogenicitat, en un procés que acaba seleccionant les que són potencialment causants de la malaltia.
4. Confirmació de les variants.
Les variants genètiques que es consideren potencialment associades a la malaltia es confirmen mitjançant una segona tècnica, que pot ser seqüenciació Sanger, MLPA o RT-PCR HRM, depenent del tipus de variant genètica identificada.
5. Context clínic de les variants.
Un cop s’han detectat les variants potencialment patogèniques, en col·laboració amb els metges sol·licitants, es fa una valoració del context clínic, entrellaçant les dades clíniques i les genètiques, per valorar si les variants expliquen la malaltia.
6. Informació publicada de la variant.
Un cop s’han detectat les variants potencialment patogèniques, s’incorpora tota la informació publicada de la variant, que tenim disponible en una base de dades pròpia, per tenir informació de com es comporta la variant en altres famílies.
7. Redacció de l’informe final.
Es redacta un informe amb la valoració genètica. Si és d’interès, s’ofereix suport per la presa de decisions clíniques i recomanacions. Aquest informe és discutit amb el metge/assessor responsable per acabar de garantir que s’ha comprès tota la informació i per resoldre qualsevol dubte.