Proceso del estudio genético
Un laboratorio de referencia permite disponer de los casos suficientes para mantener la calidad y ayudar a tomar las decisiones clínicas más adecuadas.Los estudios genéticos deben ser utilizados
1. Extracción de ADN.
La muestra recibida (sangre, saliva o tejido congelado o en parafina) es procesada para extraer el ADN. Se mide el ADN para valorar su calidad y garantizar que el procesamiento será efectivo y rentable. Si por alguna razón esta muestra no es de la calidad necesaria, no se procesa y se pide una segunda muestra.
2. Preparación de las librerías
para la secuenciación.
Se utilizan los protocolos para la preparación de las librerías (Agilent Technologies, Inc., USA). Utilizamos paneles que se va actualizando a medida que se van descubriendo nuevos genes. Por su calidad, el panel permite evaluar no sólo variantes puntuales sino también indels y variantes estructurales como copy-number-variations (CNVs).
3. Análisis bioinformático.
Una vez se obtienen los resultados del panel, éstos son evaluados informáticamente para detectar las variantes genéticas que son consideradas potencialmente patogénicas. Por esta tarea se ha desarrollado un programa informático propio y se realiza una comparación de las variantes con bases de datos internacionales, así como con la base de datos propia. Las variantes son finalmente evaluadas con herramientas in-silico para valorar la patogenicidad, en un proceso que acaba seleccionando las que son potencialmente causantes de la enfermedad.
4. Confirmación de las variantes.
Las variantes genéticas que se consideran potencialmente asociadas a la enfermedad se confirman mediante una segunda técnica, que puede ser secuenciación Sanger, MLPA o RT-PCR HRM, dependiendo del tipo de variante genética identificada.
5. Contexto clínico de las variantes.
Una vez detectadas las variantes potencialmente patogénicas, en colaboración con los médicos solicitantes, se hace una valoración del contexto clínico, entrelazando los datos clínicos y los genéticos, para valorar si las variantes explican la enfermedad.
6. Información publicada de la variante.
Una vez detectadas las variantes potencialmente patogénicas, se incorpora toda la información publicada de la variante, que tenemos disponible en una base de datos propia, para tener información de cómo se comporta la variante en otras familias.
7. Redacción del informe final.
Se redacta un informe con la valoración genética. Si es de interés, se ofrece soporte para la toma de decisiones clínicas y recomendaciones. Este informe es discutido con el médico/asesor responsable para acabar de garantizar que se ha comprendido toda la información y resolver cualquier duda.